Chlamydiová infekce, sérotypy D-K, se u 50 % nakažených mužů a 80 % infikovaných žen neprojevuje.
U ostatních pacientů se zpravidla do 3 týdnů od rizikového pohlavního styku rozvinou příznaky uretritidy (zánět močové trubice), a to hlavně u mužů - pálení a řezání při močení, častá potřeba močení s malým množstvím moči, noční močení, výtok z močové trubice.
Ženy mohou mít podobné obtíže také, ale spíše se u nich rozvíjí cervicitida (zánět děložního čípku) s vaginálním výtokem a diskomfortem během pohlavního styku (pálení, bolest).
Zánět se z děložního čípku šíří vzestupně pohlavním ústrojím a může vést až k zánětu malé pánve, zajizvení tkání a neplodnosti.
Při zánětech malé pánve bývá horečka, bolest v podbřišku a někdy dokonce nevolnost a zvracení.
U mužů se zánět přesouvá do nadvarlete (epididymitis) a projevuje se tak jeho bolestivostí, zduřením a začervenáním v oblasti šourku.
Ve výjimečných případech dochází k rozvoji tzv. Reiterova syndromu, který se rozvíjí na podkladě imunitní reakce organismu.
Do obrazu tohoto syndromu patří výše zmíněná uretritida, dále konjunktivitida (zánět oční spojivky, většinou jednostranný) a artritida (zánět kloubů, především na dolních končetinách, jednostranný).
Při nákaze novorozence hrozí miminku rozvoj konjunktivitidy a novorozenecké pneumonie (zápal plic).