Nesnášenlivost potravin se může projevovat mnoha způsoby.
Příznaky se mohou dostavit okamžitě nebo také až několik hodin po snědení problémové potraviny.
V případě opožděných příznaků si člověk souvislost s jídlem vybavuje jen velmi těžce.
Souvislá konzumace problematické potraviny může vést k chronickým problémům, pak je nalezení spojitosti téměř nemožné.
Příznaky obvyklejší u potravinové alergie svědivé pálení na rtech, v ústech nebo v krku, někdy až otoky pálení a slzení očí svědění v uších kopřivky, otoky, ekzémy potíže s dýcháním nevolnost, bolesti břicha, zvracení, průjmy anafylaktický šok: mdloby, kolaps, hrozí zástava dechu
Příznaky obvyklejší u potravinové intolerance a autoimunitních poruch reakce zažívacího systému: nadměrná plynatost, nevolnost, bolesti břicha, zvracení, průjmy, bublání a kručení v žaludku po jídle zvracení chronické průjmy úbytek hmotnosti chudokrevnost slabost, únava u dětí poruchy růstu jiné potíže: bolest hlavy, migréna, nepravidelný tep
Příznaky typické pro kojence a batolata atopický ekzém, akutní či chronická kopřivka zvracení, průjmy, bolesti břicha až koliky, neprospívání, nechutenství, krev ve stolici kašel, pískoty, dušnost, rýma, postižení spojivek, zahlenění chudokrevnost s nulovou odezvou na konvenční léčbu.