Infekce toxoplazmózou probíhá u 95 % nakažených skrytě (latentně), bez příznaků nebo jen s mírnými příznaky chřipkového charakteru. Prvok napadá všechny buňky v těle vyjma červených krvinek. Především napadá buňky nervové soustavy a oka. Tato fáze primoinfekce (po proniknutí infekce do organizmu) přechází do latentní formy, která v těle přetrvává několik měsíců i celý život. K reaktivaci infekce může dojít při oslabení imunitního systému, např. léčbou cytostatiky, po transplantaci, při HIV pozitivitě. Dalšími projevy jsou těžké zápaly plic a záněty srdečního svalu. Toxoplazmóza v těhotenství v 1. trimestru a 2. trimestru těhotenství, to znamená do ukončeného 27. týdne, kdy může způsobit potrat nebo odumření plodu s následným porodem mrtvého plodu nebo vrozenou toxoplazmózu plodu, což zahrnuje celou škálu možných projevů onemocnění. Vrozená (kongenitální) toxoplazmóza je způsobena přenosem prvoka z krve matky na plod v případě akutní primoinfekce ženy během 1. a 2 trimestru těhotenství. Je vhodné provádět serologické testy na toxoplazmózu 1x v průběhu těhotenství. U plodu je diagnostika možná odběrem vody plodové při amniocentéze nebo odběrem fetální krve.