Velká opatrnost je nezbytná u epilepsie a jiných záchvatových onemocnění, u aktivní TBC, u těhotenství, kardiostimulátoru, u těžších krvácivých stavů, u hyperfunkce kúry nadledvin, či při léčbě steroidy, u nádorových onemocnění v rozvinutém stadiu.
Není dobré používat magnetoterapii během akutního virového nebo bakteriálního onemocnění, lépe vyčkat, až akutní fáze odezní.
Zavedené kovové implantáty nejsou pro léčbu kontraindikovány.