Existují nežádoucí účinky společné pro všechny typy biologické léčby.
Patří mezi ně: zarudnutí v místě vpichu a ve výjimečných případech se může objevit i vážný zánět žil, pozitivní však je, že mnohá biologika užívající se na léčbu roztroušené sklerózy jsou ve formě tablet, takže tento nežádoucí účinek zcela odpadá, únava, bolesti hlavy – objevující se relativně často, alergie – projevující se ve formě vyrážky připomínající akné, ale i jako kašel či sípání, zmatenost, deprese – omezující pacienta v běžném životě a vyžadující vysazení léčiva nebo snížení jeho dávky, průjem, nevolnost, zvýšené jaterní testy – přičemž trávicí obtíže mohou postupně pominout.
Občas se vyskytnou vážnější nežádoucí účinky, a to i u tabletových forem biologik používaných pro roztroušenou sklerózu.
Potkat vás může například: zpomalení srdeční frekvence, k němuž může dojít po podání úvodní dávky, a proto může být lék některým pacientům nasazen pod kontrolou EKG, krevního tlaku a tepu, vyšší riziko infekcí, které je důsledkem působení na bílé krvinky, jejichž počet proto bude lékař častěji kontrolovat, progresivní multifokální leukoencefalopatie, což je vzácná, ale nebezpečná nemoc spojená s některými biologiky; u potenciálně rizikových pacientů se při jejím riziku volí raději jiná léčba.
Nežádoucí účinky provázejí i klasická, starší léčiva roztroušené sklerózy.
Aplikují se injekčně, takže reakce po vpichu u nich patří k častým jevům.
Dále se může objevit bolest na hrudi, zarudnutí, zvýšené jaterní testy, alergie a deprese.
Nepříjemný je také tzv. flu-like syndrom, sestávající z příznaků připomínajících chřipku, který je nejčastější na začátku léčby.
Problémem může být i možný vznik rezistence vůči této léčbě.